Епархиальная резиденция

В 19 веке, точнее в 1834 году, была создана Томская епархия, а в Томске открыта архиерейская кафедра. Уже на следующий год Богородице-Алексиевский монастырь становится резиденцией томских архиереев, что значительно повысило его статус. На территории монастыря был построен архиерейский дом. Так как епископы жили в одной ограде с братией монастыря, его насельники всегда находились под ближайшей архипастырской опекой, что также не могло не отразиться на нравственном состоянии братии и общем благочинии обители.

Во время правления первого Томского епископа Агапита (Вознесенского) (1834-1841) вокруг монастыря впервые была возведена каменная ограда с главными и экономическими воротами и угловыми башнями, что придало монастырю величественный вид. В юго-восточной башне находилась антиминсная часовня, в которой совершались поминальные службы. Другая старинная часовня располагалась на монастырском кладбище.

Настоящей достопримечательностью монастыря стал необычный сад, устроенный стараниями епископа Афанасия в южной части обители. Со своим озером, горой, монашескими кельями и кладбищем он представлял символический образ Святой Палестинской земли.

Подлинным украшением монастыря стала колокольня каменного собора, построенная в 1860 году. В 1863 году на нее был поднят «Торжественный» 303-пудовый колокол, звуки которого были слышны далеко за пределами Юрточной горы. Сначала во втором ярусе колокольни хотели разместить престол во имя св. прав. Лазаря Четверодневного, но впоследствии здесь были устроены архив и хранилище древностей монастыря. За всю долгую историю обители их накопилось немало. Главными святынями монастыря был ковчег  с частью Гроба Господня и частицами мощей 26 святых, а также запрестольная местночтимая Казанская икона Божией Матери.

Значительный след в истории томской обители оставил старец Феодор Кузьмич, личность которого народным сознанием прочно связывалась с личностью Императора Александра I Освободителя. Старец жил недалеко от монастыря, любил бывать на монастырских службах и охотно беседовал с братией обители. В 1904 г. над могилой всенародно почитаемого старца, расположенной по его завещанию в ограде монастыря, была построена каменная часовня. На главной часовенной иконе были изображены св. благ. Князь Александр Невский – небесный покровитель Императора Александра I и св. Феодор Стратилат – покровитель старца Феодора Кузьмича.